Основана в октябре 1990 года. Первым председателем федерации был Валентин Войченко, ответственным секретарём – Владимир Парубин.
С 1998 года председателем исполкома ФФП является Анатолий Блашку. Ответственный секретарь – Борис Барсков.
Первый турнир, проведённый федерацией – Зимний Кубок республики, посвященный памяти ветерана тираспольского футбола Александра Токарева (декабрь 1990 - январь 1991 года). Первый обладатель кубка – «Искра» (Рыбница).
В настоящее время под эгидой этой организации проводятся: Чемпионат и Кубок республики, первенство Приднестровья среди детских и юношеских команд, а также другие любительские соревнования.
